Obiekt jest najstarszą placówką archeologiczną w Polsce, powstał bowiem już w 1850 r. jako Muzeum Starożytności przy Towarzystwie Naukowym Krakowskim. Od połowy XX w. przejęła go administracja państwowa, a z końcem stulecia przeszło pod opiekę krakowskiego Urzędu Marszałkowskiego.
Można w nim znaleźć wspaniałe wystawy dotyczące zarówno starożytnego Egiptu, jak i pradziejów państwa polskiego. Wiele eksponatów związanych jest z pradawną Małopolską, w tym nie tylko o charakterze archeologicznym, ale także odnoszące się do historii i kultury kraju i regionu. Wśród ponad półmilionowej kolekcji znajdują się takie cuda jak wyroby z kości mamuta czy ostrza z rogu renifera, znalezione w jaskiniach Mamutowej i Maszyckiej, najstarsze militaria (miecz i okucia łyku z grobu wojownika huńskiego), kolekcja monet z pierwszych lat istnienia państwa polskiego, a przede wszystkim kamienny posąg Światowida z IX w. Muzeum mieści wiele zabytków związanych z Ukrainą, Białorusią i Litwą, a także egipskie sarkofagi z mumiami czy staroperuwiańskie narzędzia kultur Mochica i Chimu.
Ciekawy oddział muzeum znajduje się w Nowej Hucie, niestety jego zbiory nie są udostępniane mieszkańcom miasta.