Główna siedziba muzeum gromadzącego eksponaty dotyczące codziennego życia mieszkańców miasta przed wiekami znajduje się w Pałacu Krzysztofory. Obecnie ekspozycja stała jest niedostępna z powodu remontu, ale w gmachu odbywają się wystawy czasowe. Odbywa się tutaj także doroczna wystawa słynnych szopek krakowskich.
Muzeum Historyczne posiada wiele oddziałów rozsianych po całym mieście. Osoby ciekawe dziedzictwa i historii Krakowa znajdą w nich wiele atrakcji. W Starej Synagodze można poznać dzieje Żydów na Kazimierzu, w Fabryce Schindlera – okres okupacji, w Kamienicy Hipolitów - zwiedzić mieszczański dom, a na ulicy Pomorskiej "zwiedzić" Kraków czasów okupacji i okresu powojennego, a nawet getto krakowskie w Aptece Pod Orłem. Pozostałe oddziały muzeum to Wieża Ratuszowa, Barbakan, Mury Obronne, Celestat, Dzieje Nowej Huty, Dom Zwierzyniecki i Dom pod Krzyżem.
Od 2010 r. można też zwiedzać najnowszą filię Muzeum Historycznego – Podziemia Rynku, które przedstawiają średniowieczny obraz miasta w sposób niezwykle fascynujący dzięki licznym multimediom i nieszablonowym rozwiązaniom muzealnym.